Perpustakaan
Dalam menunjang pembelajaran mahasiswa, selain terdapat perpustakaan terpadu yang berada di Gedung KH. Mas Mansyur Lantai 3 Universitas Muhammadiyah Yogykarta, Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan juga memiliki perpustakaan sendiri yang menyediakan buku-buku tentang kedokteran, keperawatan, jurnal dan literatur lainnya yang berkaitan dengan kesehatan. Perpustakaan yang berada di Gedung G lantai Dasar tersebut melayani mahasiswa dari pukul 07.30 – 21.00 WIB.
Ruang Kuliah
Program Studi Kedokteran memiliki 3 amphi teater sebagai ruang kuliah yang dapat menampung sekitar 200 mahasiswa. Di samping itu terdapat juga 15 ruang tutorial yang digunakan untuk kegiatan diskusi kelompok kecil dimana dalam satu kelompok terdiri dari 10 – 15 mahasiswa.
Laboratorium
Program Studi Kedokteran memiliki beberapa laboratorium dalam menunjang pembelajaran mahasiswa, yaitu laboratorium Anatomi, Patologi Klinik, Biokimia, Mikrobiologi, Parasitologi, Fisiologi, Farmakologi, Histologi dan Patologi Anatomi. Disamping itu juga terdapat laboratorium klinik (skill lab).
Ruang CBT
Program Studi Kedokteran FKIK UMY dalam pelaksanaan ujian evaluasi belajar menggunakan sistem Computer Based Test (CBT). Untuk menunjang kegiatan tersebut, Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UMY memfasilitasi berupa Ruang CBT Center sebanyak 4 ruang yang 1 diantaranya berada di Gedung Osce Center PKU Muhammadiyah Gamping. Selain digunakan untuk ujian evaluasi belajar, fasilitas tersebut juga digunakan untuk UKMPPD dan praktikum IT.